Margarida Natividade va estudiar a Lisboa, Amsterdam i Brussel·les.

Va interpretar Despina, Fiordiligi, Pamina, Susanna i Zerlina de Mozart; la Minerva d'Il Ritorno d 'Ulisse de Monteverdi i la Norina del Don Pasquale de Donizetti.

Ha cantat Oratoris d'Albinoni, Pergolesi, Vivaldi, Händel, J.S. Bach, Haydn, Mozart, Mendelssohn, Fauré, Honneger, Poulenc, Bendimered, etc., i recitals de melodies franceses o d'autors iberoamericans.

Ha gravat la cantata 209 de J.S. Bach, Non sa che sia dolore, motets d'Ottavio Durant, les àries italianes de Ferran Sor i tota l'obra per a veu i piano de Granados.

Des de molt aviat orientà cap a la docència al Conservatori de Brussel·les i, des de 2002, a l'ESMUC, a París, Lille, Bruges, Londres, Lisboa, Catània i Brussel·les.